Bánh tổ được chế biến từ nếp, gạo, đường, mè, gừng. Có nhiều cách chế biến loại bánh này, nhưng theo phương pháp truyền thống người ta thường chế biến theo tỉ lệ 1 kg nếp + 100 gr gạo + 800 gr đường. Nếp được chọn phải là loại nếp ngon, phơi thật khô rồi đem xay thành bột. Bột nếp và đường đem "sên" cho thật kỹ, lọc bỏ hết tạp chất rồi thêm vào chút nước gừng tươi để làm tăng hương vị.
          Đổ bột vào nước đường đánh cho dậy bột (bột nhuyễn, không đóng cục). Múc bột đổ vào nài (3 miếng lá chuối sắp chồng xéo lên nhau, bẻ góc, dùng lạt tre ghim  2 đầu) đã sắp sẵn trên vĩ tre, kê trong thùng hấp. Lớp trên đặt xéo, xen kẻ với lớp dưới để hơi nước dễ thoát lên thì bánh mới chín đều. Mỗi chiếc bánh cân nặng khoảng 500 gram.
Tiếp theo vớt ra, để bánh thơm ngon và tăng thêm sự hấp dẫn, người ta rải mè rang vàng lên trên mặt bánh và cất vào nơi thoáng mát. Bánh tổ Hội An vừa dai vừa dẻo, hương vị đậm đà lạ miệng. Bánh có thể để được lâu mà không sợ bị hư. Trong danh mục các món ngon xứ Quảng, bánh tổ Hội An giữ chỗ đứng thật trang trọng:
“Nem chả Hòa Vang
Bánh tổ Hội An
Khoai lang Trà Kiệu
Thơm rượu Tam Kỳ”
             Bánh tổ hình giống tổ chim, vỏ bên ngoài bằng lá chuối, bên trong là bột nếp, đường hấp chín. Với người Hoa không dùng lá chuối mà dùng giấy dầu lót trong tô đất để hấp và bánh chín thì dùng giấy đỏ bọc bên ngoài với ý nghĩa màu đỏ tượng trưng cho sự may mắn, phát đạt. Người dân trong Khu phố cổ đều dùng bánh này để cúng đưa ông Táo về trời (đêm 23/12 âm lịch).
             Đối với người dân Hội An bánh tổ còn là lễ vật không thể thiếu để dâng cúng Tổ tiên ông bà trong ba ngày Tết. Thứ bánh như là cái cớ để nhắc nhở nhau về nguồn cội “Chim có tổ, người có tông”.