Từ khi khu phố cổ Hội An được công nhận là di sản văn hóa thế giới (1999) đến nay, bằng nhiều nguồn kinh phí từ Trung ương đến địa phương và sự tài trợ của các tổ chức nước ngoài, Hội An đã đầu tư hơn 66 tỷ đồng, tu bổ 166 di tích của Nhà nước trong khu phố cổ, hỗ trợ hơn 5,2 tỷ đồng tu bổ 110 di tích của tư nhân và tập thể. Bên cạnh đó, các chủ di tích cũng đã tự bỏ tiền tu sửa mỗi năm khoảng 200 trường hợp với lượng kinh phí rất lớn. Tuy nhiên, theo khảo sát của ngành chức năng thành phố Hội An, hiện có 103 ngôi nhà cổ cần tu bổ khẩn cấp vì đang xuống cấp nghiêm trọng, chủ sở hữu đang chống đỡ tạm thời, có nguy cơ sụp đổ bất cứ lúc nào. Nếu không có giải pháp tu bổ trước mùa mưa lũ năm nay sẽ nguy kịch đến di sản. 
     Theo ông Trần Văn An, Phó Giám đốc Trung tâm Quản lý Bảo tồn di sản văn hóa Hội An, mỗi năm thành phố Hội An đầu tư hơn 10 tỷ đồng để trùng tu cho khoảng 10 ngôi nhà cổ. Tuy nhiên, để trùng tu các di tích đang xuống cấp, vì muốn trùng tu một di tích nhà cổ, nguồn kinh phí phải gấp ba, bốn thậm chí gấp chục lần so với nhà bê tông hiện đại. Nguyên vật liệu để tu bổ nhà cổ như gỗ nhóm I, nhóm II hay ngói âm dương… và những vật liệu truyền thống khác... không phải “muốn mua là có” vì hiện nay việc khai thác rừng Quảng Nam đã bị nghiêm cấm, các lò nung vôi, gạch, ngói theo cách thức truyền thống cũng bị cấm hoạt động để bảo vệ môi trường. Chính vì vậy nguồn kinh phí này chỉ như “muối bỏ bể”.
     Trao đổi với chúng tôi, ông Lê Văn Giảng, Chủ tịch UBND thành phố Hội An cho biết: Chính quyền địa phương đã nhận được nhiều lá đơn kêu cứu của chủ sở hữu vì áp lực của quyền thừa kế, của các đồng sở hữu đang sinh sống ở nhiều nơi, kể cả nước ngoài, đòi bán để chia “di sản cha ông”, tức ngôi nhà thừa kế của mình. Trong khi đó, một số chủ nhân ngôi nhà cổ phàn nàn rất khổ vì luôn phải thường trực chống đỡ sự xuống cấp của các kiến trúc cổ: Nhà ở, nhà thờ họ, đình, chùa, hội quán…, khổ vì “lực bất tòng tâm” khi nhà nước đã hỗ trợ một khoản kinh phí không nhỏ (có di tích được hỗ trợ tới 75%) mà họ vẫn không thể xoay xở được kinh phí để sửa chữa, để hoàn nguyên di tích. Người Hội An vốn có truyền thống thích ứng với những điều kiện sống có nhiều biến cải trong tiến trình lịch sử mấy trăm năm, vì thế khi những giá trị văn hóa của đô thị cổ được thế giới tôn vinh thì việc phải giữ gìn cho được những giá trị ấy được họ xác định là lẽ sống còn. 
     Tuy nhiên, trên thực tế thời gian qua, ở khu phố cổ đã có 83 trường hợp chuyển nhượng chủ sở hữu và 181 trường hợp cho thuê nhà cổ (trên đường Trần Phú, Nguyễn Thái Học). Nghĩa là đã có 264 chủ nhà - di tích tương đương với hơn 3.000 cư dân phố cổ Hội An phải rời khỏi ngôi nhà của mình vì đã bán hoặc cho người khác thuê. Nhiều ngôi nhà cổ do người từ các địa phương khác đến mua lại hoặc những người trẻ giàu có tại chỗ mua làm cơ sở kinh doanh. Thậm chí, có những chủ cửa hiệu lớn sau khi mua hai, ba ngôi nhà cổ liền kề đã thông tường, đục vách để thuận lợi hơn cho việc kinh doanh... Điều này sẽ ảnh hưởng rất lớn đến “nếp nhà” bấy lâu của Hội An, bởi đồng thời các chủ sở hữu mới vì mục đích kinh doanh đã làm biến dạng không gian nội thất của các di tích, nhất là không gian thờ tự, thì “nếp nhà” cũng “biến dạng” theo, khiến "hồn" phố cổ sẽ bị thay đổi theo hướng tiêu cực.